شما وقتی با دستور به مراجع، شکل، جدول و فرمول و ... ارجاع میدین بسته hyperref اونو براتون به صورت لینک و قابل جهش درمیاره اون کادرها نشون میده اینا لینک شدن و قابل ارجاع هستن.

برای حذف مربع های سبز و قرمز

این دستور رو بذارین قبل از بیگین داکیومنت

\hypersetup{hidelinks}

البته به شرطی که بسته hyperref  تو فایلتون فراخوانی شده باشه